A Diretiva Quadro da Água veio obrigar todos os estados membros a procederem a uma monitorização ecológica dos seus rios tendo em vista a avaliação da sua qualidade. Esta classificação deve refletir a qualidade de diversos componentes de um ecossistema ribeirinho, tais como os elementos biológicos, físico-químicos e hidromorfológicos. Com base nesta avaliação deve ser elaborado um plano de medidas para recuperação da qualidade de todas as massas de água que não atinjam o “Bom” estado ou “Bom” potencial ecológico. Neste capítulo descrevem-se os métodos oficiais portugueses (protocolos de amostragem e índices) usados para classificar os rios, com base nas comunidades de macroinvertebrados bentónicos, peixes, diatomáceas e macrófitos e bem como nos elementos hidromorfológicos de suporte. Finalmente, é apresentado um panorama das classificações dos rios portugueses com base nos últimos dados disponíveis.